Olá Pedro...
existem várias opiniões sobre o assunto mas depende do teu gosto pessoal pois ambas as maneiras (e outras) funcionam.
O problema com as grandes trocas de água tem a ver com o impacto de parametros no aqua. Por exemplo... e vou colocar uma hipotese no absurdo: Num sistema de 100 litros em que troques 40% de uma vez (1x por mês), se algum dos parametros não for correcto e equilibrado com o que tens na água do aqua, o impacto de uma TPA tão grande pode ser mau. Alteração grande de temperatura ou salinidade ou parametros quimicos etc... tudo isso pode gerar impacto e destabilização num aquário estável.
Já se fizeres os 40% mas dividido em 4X (10% semana), ainda que possas ter parametros diferentes da água do sistema, o impacto será minimo, ou na pior das hipoteses, perfeitamente remediável com uma outra TPA um pouco maior, em que rapidamente podes corrigir o problema gerado.
No teu caso em concreto e se és meticuloso com os parametros da água das TPAs (correção de valores, colocando parecidos aos teus no aqua), penso que é perfeitamente viavel e possivel a troca de semanal para quinzenal e até mensal sem teres grandes alterações quimicas ou impactos consideráveis.
Para melhor te ajudar dá uma olhada neste excelente artigo do Randy Holmes Farley sobre TPAs:
TPAs Randy Holmes Farley