Boas João
Porque achas que se iniciaria um novo ciclo? Basicamente da micro vida e bactérias que habitam na rocha, só uma percentagem (aceitável) se irá perder, já o fiz e não tive novo ciclo. Desde que se utilize agua salgada em condições, sem grandes choques de temperatura e salinidade.
Quanto aos peixes e corais, o António já tem um aquario bem estabelecido, não acredito que vá ter picos de amónia/nitritos se tiver cuidado, mas por prevênção e se tem onde os colocar, pode tirar os peixes e os corais não encrustados para outro aquario.
Depois era só ir testando os valores e voltar a colocar tudo no aquario.
Tem ainda uma 2º opção que é fazer a lavagem de forma gradual, ou seja, vai retirando algumas rochas, lava, volta a colocar e faz uma tpa de 20 ou 30%.
Obviamente isto é só uma experiência, na altura fiz isto porque notava as rochas com muitos detritos e aproveitei a mudança de um aquario que tinha no sotão para a garagem, não sei se tinha os fosfato a 1,0 ou a 0,05, nunca me interessou

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Sei que tinha uma grande quantidade de corais e peixes, e que num mês as cores evoluiram e para melhor. Fiz tudo de um dia para o outro praticamente.